Монастырь был основан в 1386 году супругой князя Андрея Серпуховского и матерью князя Владимира Храброго — княгиней Марией Констаниновной, которая постриглась здесь в монахини перед смертью в 1389 году под именем Марфы. Первое время находился на территории Московского кремля и носил имя монастырь Рождества Богородицы на Рву. Существует также версия, что монастырь с момента основания располагался на берегу реки Неглинной, у Кучкова поля, во владениях князя Владимира Андреевича Серпуховского.
В 1430-х годах в монастыре приняла постриг под именем Евпраксия княгиня Елена Ольгердовна, супруга князя Владимира Храброго, она была похоронена, согласно своему завещанию, на монастырском кладбище в 1452 году. Княгиня Елена пожертвовала обители села с деревнями.
Одноглавый каменный собор Рождества пресвятой Богородицы был возведён в 1501—1505 годах в традициях раннемосковского зодчества. После пожара 1547 года в течение 150 лет был окружён пристройками, исказившими первоначальный облик.
25 ноября 1525 года в Рождественском монастыре была насильно пострижена под именем София жена Василия Третьего Саоломония Сабурова. Она жила в обители до перевода в суздальский Покровский монастырь.
Летом 1547 года во время сильного московского пожара сгорели постройки монастыря, пострадал каменный собор. Он был вскоре восстановлен по обету царицы Анастасии Романовны — жены Ивана Грозного. По приказу самого царя в южной алтарной апсиде был создан Никольский придел.
В 70-х годах XVII века Рождественский монастырь стал местом погребения князей Лобановых-Ростовых: к собору с востока была пристроена их усыпальница. В XIX веке она получила второй этаж, в котором находилась монастырская ризница.
В 1676—1687 годах на средства княгини Фотинии Ивановны Лобановой-Ростовской был возведён каменный храм святого Иоанна Златоуста с трапезной и приделами святого Николая, праведного Филарета Милостивого и святого Димитрия Ростовского. На её же средства в 1671 году выстроена ограда из камня с четырьмя башнями.
В 1835—1836 годах над Святыми вратами была построена колокольня с церковью священномученика Евгения, епископа Херсонского.
В начале XX века были построены трехэтажные здания келий, в которых размещались классы церковно-приходской школы. В 1903—1904 годах по проекту архитектора П.А.Виноградова была проведена реконструкция церкви Иоанна Златоуста и возведена трапезная монастыря. В 1904—1906 годах Виноградовым построен храм Казанской иконы Божией Матери с новой трапезной палатой. При монастыре действовали приют для девочек-сирот и церковно-приходская школа.
В 1922 году монастырь был закрыт большевицкими властями и разграблен, серебряные ризы с икон сняты (всего вывезено 17 пудов серебра), часть икон первоначально переместили в храм Николы в Звонарях, а позже — в церковь Знамения в Переяславской слободе.
В монастыре размещались конторские, научные и учебные заведения. В кельях были устроены коммунальные квартиры. Некоторым из монахинь разрешили остаться в бывшей обители, две инокини жили на территории монастыря до конца 1970-х годов. Монастырское кладбище вместе с могилой основательницы обители — княгини Марии Андреевны было уничтожено, часть стен снесена.
В 1974 году решением Моссовета Рождественский монастырь был передан МАРХИ для организации музея-заповедника древнерусского искусства и зодчества. После реставрации в Рождественском соборе хранился архив одного из научно-исследовательских институтов.
Собор Рождества Пресвятой Богородицы был возвращен верующим в 1992 году
Богослужения возобновились 14 мая 1992 г.
Женский монастырь был возрожден 16 июля 1993 года. При монастыре существует воскресная школа для детей 4-17 лет.
В 2010 году в монастыре открылась бесплатная женская трехгодичная церковно-певческая школа. В ее учебную программу входит изучение катехизиса, литургики, Богослужебного устава, сольфеджио, обихода церковного пения и хоровой класс. В 2011 году при школах в монастыре была создана своя библиотека.
С 1999 года подворьем монастыря является храм иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радость", расположенный в селе Фёдоровское Волоколамского района Московской области.
Храмы монастыря:
собор Рождества Пресвятой Богородицы (1501-1505)
храм свт. Иоанна Златоуста (1676-1687)
храм Казанской иконы Божией Матери (1904-1906)
колокольня с храмом сщмч. Евгения Херсонского (1835-1836)